“以5-10公里作为收集半径，按照日产气量5000立方米左右的规模，在农作物收获季节，秸秆的收集目前还是可以能够满足的。但如果生产规模继续扩大，达到20000立方米时，原料的收集就可能会存在问题。”此外，受制于农作物生长的季节性和规模化生产的连续性，大量沼气原料存储的时间、土地、安全性等问题也是大规模生产加工中必须要考虑的问题。
除原料的收集、储藏、运输等制约外，在政策层面，政策稳定性、延续性差也成为大中型沼气工程发展动力不足的重要影响因素。
2008年，为鼓励农作物秸秆的有效利用，财政部出台了《秸秆能源化利用补助资金管理暂行办法》，《办法》中规定，对于注册资本金在1000万元以上、秸秆能源化利用符合本地区秸秆综合利用规划、年消耗秸秆量在1万吨以上(含1万吨)、秸秆能源产品已实现销售并拥有稳定用户的企业，中央财政将根据企业每年实际销售秸秆能源产品的种类、数量折算消耗的秸秆种类和数量，按一定标准给予综合性补助。
补助政策的出台吸引了大量社会资本和龙头企业，有效推动了秸秆的能源化利用。而据李景明介绍，这一政策出台不足5年，就以存在企业骗补现象为由终止了，“政策不持久、不连续，会使企业的盈利期望大大下降，甚至由投资变成了投机。”对于企业而言，河南天冠企业集团有限公司副总经理王林风也表示，政策的变动会直接影响到银行对企业的贷款和投资者的信心。
而在终端用户方面，市场的培育也并未引起足够重视。伴随着工程规模的扩大，产气量不断增加，目前相关的补贴政策还停留在基础设施和工程建设层面，对于拉动市场消纳的政策支持明显不足，一些大中型的沼气工程在建成后往往面临运行艰难的风险。
此外，“鼓励性、号召性政策偏多，具体配套细则和落地政策缺乏”、“部门政策各自为政、统筹不当”等问题都在不同程度地制约沼气工程的适度规模化发展。
3、分布式、多联产是大势所趋
在沼气产业转型升级的过程中，因地制宜地发展大中型规模的工程逐渐成为未来之势。在大规模原料运输、产品消纳等问题尚待更好解决的背景下，杜祥琬认为，沼气的发展应当树立分布式能源网络的理念，“在河南濮阳，以村为单位的中型沼气项目依托当地的种植、养殖业，在全村统一设计、统一施工，沼气的利用效率和综合效益都很好。”同样，在企业主导的沼气项目中，权衡合理的生产和消纳半径，建设适度规模的工程也收效显著。
立足产业的长期发展，企业则将目光放在了沼气产业链的综合开发与利用上，贯彻多联产的生产理念。液化空气集团在发展沼气项目的过程中，就将目光投向了产业链的深耕，例如依托于沼气提纯，通过后续的燃气并网、车用燃气、液化生物甲烷以及可再生氢气生产等领域延展产业链条。
据李景明透露，目前产业相关部门正在积极沟通，希望能够建立沼气工程终端产品补贴政策。一方面通过沼气定价的方式发放适当补贴，通过补贴，既能够使生产和运行企业收回成本、维持盈利，又能够真正降低用户使用沼气的价格，培育终端市场。另一方面，包括沼肥、沼液等在内的终端产品也应通过补贴政策进一步发挥效用。
